BAŞKENT Hastaneleri ile Uygulama ve Araştırma Merkezlerinde 1997 yılından bu yana kalite geliştirme çalışmaları devam etmektedir. Tümünde ISO 9001:2008 Kalite Yönetim Sistemi Standartlarının gerekleri yerine getirilmekte olup, Türk Standartları Enstitüsü (TSE) tarafından belgelendirilmiştir. Ayrıca hastanelerimiz ISO kalite belgesini alan ilk vakıf hastaneleridir.